鳥居作為神域的入口其由來眾說紛紜，樣式也是五花八門，但是位在京都木嶋神社的三柱鳥居卻很奇葩，根據神社札牌的介紹這個三柱鳥居號稱是日本唯一的，其實在東京的三圍神社、南禪寺大寧軒、奈良、岐阜都有，但其實這些都是木嶋神社的仿製品，譬如大寧軒的是明治時期立的，三圍神社則是1994年，所以說從以前就遺留下來的應該就只有木嶋神社的。
木嶋神社的三柱鳥居很有名在江戶時期的繪師葛飾北齋的《北齋漫畫》中就有畫到三柱鳥居，而且在江戶末期的刊物《都名所圖會》也畫出了當時的木嶋神社中的三柱鳥居，所以木嶋神社敢說「唯一」應不是瞎掰的。
葛飾北齋這圖顯然與實際的鳥居不同，或許是他自己腦補畫出來的，但這也表示三柱鳥居的知名度有多高了
至於木嶋神社為什麼會有這個三柱鳥居目前也有幾種說法，比較常見的有：
1.宗教信仰說：景教在唐朝傳入中國，爾後信仰景教的秦氏到了日本就在其木嶋神社中建立象徵「三位一體」的三柱鳥居，也有一說秦氏是猶太教所以是以三柱鳥居象徵「大衛之星」或是「生命之樹」。
2.磐座說：磐座是天神降臨依附的石頭或山體，因為三柱鳥居中有石堆，因此應該是秦氏將其視為磐座作為鎮守之用，在京都也有四個「岩倉」，北方山住神社（岩倉）、東方観勝寺（東岩倉山）、西方金蔵寺（西岩倉山）、南方明王院不動寺（松原麩屋町）一樣是鎮守京都用的(桓武天皇真的有夠神經質的)，另外與秦氏有關的松尾大社一樣也有一個磐座。
3.天象觀測說：此是因為三柱鳥居的三角形「垂線」剛好都是秦氏的神社或聖山，其中還顯示出夏至與冬至的日出日落線，因此有人認為三柱鳥居是一個觀測天象的道具。伏見稻荷大社也與秦氏有關。
話說，每到夏天土用丑日下鴨神社就會舉行御手洗祭，其中大家都會去參加足洗神事，但其實木嶋神社在當天也會舉行喔！木嶋神社的森林叫做「元糺の森」而池子叫做「元糺の池」，也就是說原本這裡是有水的看看《都名所圖會》的紀錄就知道了。
但據說是因為京都市營地下鐵施工時挖斷了木嶋神社的水脈，所以池子就乾涸了，現在到了土用丑日木嶋神社還是會舉行足洗儀式，只不過目前是先用自來水灌到池中，現在當地居民也努力地在尋找地下水脈，希望有一天能將「元糺の池」復活！至於為什麼秦氏的木嶋神社與賀茂氏的下鴨神社會有一樣的儀式，連森林名稱都這麼像？這又是另一個故事了有機會再說啦。